De Europese Habitatrichtlijn vormt samen met de Vogelrichtlijn de kern van natuurbescherming in de Europese Unie. Samen zorgen deze bepalingen voor bescherming van de soorten én bescherming van de leefgebieden. De Habitatrichtlijn (92/43/EEG) is sinds 1992 in werking. 

De Habitatrichtlijn heeft als doel om de biodiversiteit in de Europese Unie in stand te houden door het beschermen van natuurlijke en halfnatuurlijke habitats en de wilde flora en fauna. De Europese lidstaten dienen speciale beschermingszones (SBZ) aan te wijzen voor het behoud van circa 220 bedreigde Habitattypen onder Bijlage I van de Habitatrichtlijn en 1000 dier- en plantensoorten van Bijlage II (geen vogels omdat die al onder de Vogelrichtlijn vallen). Deze SBZ’s zijn de Habitatrichtlijngebieden die tezamen met de Vogelrichtlijngebieden het Europees netwerk van natuurgebieden vormen, het Natura 2000 netwerk. Dit netwerk moet de natuurlijke habitats en habitats van soorten in een gunstige staat van instandhouding behouden of herstellen. De lidstaten dienen ervoor te zorgen dat er maatregelen worden genomen om de natuurlijke habitats en de wilde dier- en plantensoorten in een gunstige staat van instandhouding te behouden of te herstellen. De lidstaten moeten om de zes jaar bij de Commissie een rapport indienen over de toepassing van de nationale maatregelen die krachtens deze richtlijn zijn getroffen een beoordeling van het effect van die maatregelen op de staat van instandhouding van de habitats en de soorten.

Nederland heeft de Habitatrichtlijn (en de Vogelrichtlijn) geïmplementeerd in de wet Natuurbescherming. Het is het verboden om opzettelijk dieren te vangen of doden, te verstoren of hun voortplantings- of rustplaatsen te beschadigen of vernielen, planten te plukken of uit te graven. De derogatierapportage (de afwijkingen op de verbodsbepalingen) moet tweejaarlijks worden gerapporteerd.